1 Majeure : Gestion de l’Environnement et Écologie Littorale
1.1 Semestre 1
1.1.1 Dynamique sédimentaire côtière
Cet EC fait partie de l’UE Mise à niveau pluridisciplinaire
Responsable : I. Brenon
Objectifs pédagogiques
Déterminer les forçages hydrodynamiques et leur influence sur le transfert des particules fines, expliquer les processus de comportement d’une particule de sédiment fin dans la colonne eau/sédiment et appliquer dans les estuaires.
1.1.2 From climate change impacts to adaptation pathways
This course is part of the Mise à niveau pluridisciplinaire module
Teacher in charge: V. Duvat
Objectives
Knows the key environmental changes observed at the coast and their main drivers, including uncertainties relating to the estimation of changes and the spatial variability of changes. Knows the methods to be used to assess environmental changes. Is able to analyse environmental changes from the global to the local scale based on focused case studies.
1.1.3 Mise à niveau en biologie marine
Cet EC fait partie de l’UE Mise à niveau pluridisciplinaire
Responsable : G. Radenac
Objectifs pédagogiques
Définir les propriétés physico-chimiques du milieu marin, déterminer les différents processus agissant sur la circulation des masses d’eau océanique (étude de cas : Atlantique Nord) Décrire et expliquer la structuration des écosystèmes marins au regard de la diversité et de la qualité des interactions biotiques et abiotiques. Mettre en oeuvre un protocole de terrain pour répondre à une question d’écologie benthique.
Contenu
L’océan : un fluide en rotation, à propriétés variables en fonction des propriétés climatiques. Spirale d’Ekman, géostrophie dans l’Atlantique Nord Les écosystèmes marins des compartiments benthiques et planctoniques : structure, fonctionnement et interactions Sorties Découverte des estrans Etude de terrain sur la structure de populations de mollusques
1.1.4 Simulation de l’environnement
Cet EC fait partie de l’UE Mise à niveau pluridisciplinaire
Responsable : V. Le Fouest
Objectifs pédagogiques
Conceptualiser et formaliser mathématiquement un modèle biologique, maîtriser les méthodes de simulation numérique permettant d’élaborer un code de modélisation numérique sous R et en analyser les résultats.
Contenu
Conceptualisation d’un problème donné, création d’un modèle quantitatif, résolution numérique d’équations différentielles appliquée à la biologie, test de scenarios de changement climatique simples avec le modèle, analyse, interprétation et communication grand public des simulations produites, écriture d’un code numérique sur le logiciel R
1.1.5 Systèmes d’information géographique
Cet EC fait partie de l’UE Mise à niveau pluridisciplinaire
Responsable : D. Pinaud
Objectifs pédagogiques
Importer, créer, visualiser et analyser des données spatialisées. Croiser les informations de différents types de données spatialisées (vecteur, raster) et les mettre en forme pour des analyses statistiques. Présenter ses résultats dans des sorties cartographiques de qualité.
1.1.6 Préparation du projet professionnel
Cet EC fait partie de l’UE Préparation du projet professionnel
Responsable : H. Thomas
Objectifs pédagogiques
Comprendre les enjeux de recherche de financement de projet dans le domaine de l’environnement et du littoral et identifier les sources potentielles. Mettre en forme une demande de financement et développer des techniques de recherche de stage ou d’emploi efficaces.
1.1.7 Practical research internship in Chizé
This course is part of the Projet recherche : acquisition et traitement de données module
Teacher in charge: D. Pinaud
Objectives
The objective of this one-week training course is to introduce research in a laboratory in ecology, ecophysiology and behavior. It combines synthesis courses on topics developed in the laboratory, field trips and research projects entrusted to groups of students with final restitution
Course content
Three different and complementary types of actions are carried out: 1. interventions in the form of directed works or conferences supported by researchers and doctoral students in the la. This represents approximately 25% of the internship time. These courses aim to increase the theoretical background through the example of research work developed in the laboratory or through synthesis presentations. They also aim to link theory, concepts and the scientific process; 2. research subjects (study projects) assigned to groups of students supervised by a doctoral student, in accordance with the themes addressed in directed works (approximately 50% of the internship time). Students must then solve a given problem and present their approach and results at the end of the week. 3. discoveries of the field station with the livestock and the surrounding natural environment, such as the integral biological reserve (about 25% of the time). The integral biological reserve covers 2600 ha of freely evolving forests and is a life-size laboratory.
1.1.8 Stratégie d’échantillonnage et analyse de données-Data analysis
Cet EC fait partie de l’UE Projet recherche : acquisition et traitement de données
Responsable : B. Simon-Bouhet
Objectifs pédagogiques
Construire un plan d’échantillonnage simple pour répondre à une question écologique précise, en tenant compte des contraintes matérielles et de temps. Décider du nombre le plus adéquat de réplicats, de l’engin d’échantillonnage le plus adapté.
Réaliser, dans R, toutes les étapes de l’analyse statistique de données biologiques et écologiques uni-, bi- ou multivariées, de la mise en forme des données à l’interprétation des résultats.
Contenu
Bases sur la variabilité dans les systèmes benthiques. Construction d’un plan d’échantillonnage. Différents types de plans d’échantillonnage. Définition du nombre de réplicats. Taille de l’unité d’échantillonnage. Précision et taille d’un échantillon. Méthodes d’échantillonnage pour la macrofaune et la méiofaune benthique.
Prise en main de R. Analyses multivariées (ACP, AFC), régression, ANOVA (1, 2 facteurs croisés ou plus, hiérarchique, mesures répetées, modèles mixtes, etc)
1.2 Semestre 2
1.2.1 Biologie de la conservation
Cet EC fait partie de l’UE Biologie de la conservation
Responsable : C. Lefrançois
Objectifs pédagogiques
Maîtriser les concepts et les méthodes en écologie de la conservation. Analyser un article scientifique en anglais issu d’un journal de biologie de la conservation et en restituer les principaux résultats. Expliquer les bases génétiques de l’adaptation à l’environnement. Intégrer le lien entre le potentiel adaptatif des espèces et les conséquences du changement global. Savoir identifier les outils moléculaires existants et leurs applications en biologie de la conservation. Intégrer les réponses comportementales, physiologiques et biochimiques, dans un contexte environnemental, pour comprendre comment les organismes vivants font face aux contraintes de leur milieu. Comprendre les limites de la mise en œuvre de ces mécanismes. Appréhender les enjeux de la physiologie de la conservation et l’intérêt de cette discipline en termes d’outils pour appuyer les décisions de gestion.
Contenu
Historique de la discipline, état et érosion de la biodiversité globale, les types de menaces et leur hierachisation, les solutions pour la préservation de la biodiversité Définition des notions d ’adaptation et d’adaptabilité, acclimatation, plasticité phénotypique, homéostasie, allostasie. Principes de génétique quantitative et notion d’héritabilité. Analyses moléculaires de la sélection : loci sélectionnés et loci neutres. Description des outils moléculaires existants et de leurs applications en biologie de la conservation. Exemples des mécanismes déclenchées (cardiovasculaires, respiration bimodale, métabolisme,….) en conditions variables d ’oxygène et de température. Notion d’allocation énergétique, courbe de tolérance, polygones thermiques. Exemples chez les espèces eurythermes/sténothermes, et d’adaptations aux milieux tempérés, tropicaux, polaires. Lien avec la dynamique de répartition en fonction dans le cadre du changement climatique (cas des espèces invasives, applications dans la définition des zones à préserver…)
1.2.2 Analyse numérique
Cet EC fait partie de l’UE Écologie
Responsable : V. Le Fouest
Objectifs pédagogiques
Maîtriser les méthodes d’analyse de données spatiales et temporelles uni- et multivariées. Élaborer un code d’analyse de données sous R et en analyser les résultats.
Contenu
Traitement et analyse de séries temporelles univariées, analyse de corrélation de séries multivariées, interpolation spatiale, analyse des composantes principales, méthodes de regroupements, analyse de séries de données spatiales via les fonctions orthogonales empiriques (EOFs), initiation à la modélisation numérique, écriture de scripts avec le logiciel R
1.2.3 Coastal and trophic dynamics
This course is part of the Écologie module
Teacher in charge: C. Dupuy
Objectives
Describe, explain and quantify waves and water circulation in estuaries, adjacent coastal zones, coastal and offshore upwelling areas, together with the chemical and biological processes determining their productivity. Understand and construct trophic relationships between functional groups of organisms, based on knowledge about their energy needs. Interpret and compare the functioning of aquatic food webs and their diversity (in particular estuarine and marine ones), from primary producers to macro-consumers, with particular attention on microbial dynamics. Read and interpret in English (written and oral) scientific texts on food web dynamics, aquatic ecosystem functioning and microbial dynamics
1.2.4 Écotoxicologie-Ecotoxicology
Cet EC fait partie de l’UE Écologie
Responsable : F. Caurant
Objectifs pédagogiques
Appréhender les problèmes liés à la contamination des écosystèmes (principalement aquatiques) et d’évaluer le risque écotoxicologique
Contenu
Base de la toxicologie fondamentale et de l’écotoxicologie : principales classes de polluants ; transferts des polluants dans les compartiments biologiques ; effets des polluants sur les populations, communautés et écosystèmes ; biomonitoring
1.2.5 Stage (8 semaines)
Cet EC fait partie de l’UE Stage
Responsable : B. Lebreton
Objectifs pédagogiques
S’insérer dans une structure, interagir avec l’ensemble des membres de l’équipe et être capable de travailler au sein de cette équipe. Mettre en œuvre ses connaissances pour répondre à la problématique/mission qui lui a été confiée. Produire des données, les traiter et les interpréter de façon adéquate. Rendre compte de son expérience au travers d’un rapport écrit et d’une présentation orale.
1.3 Semestre 3
1.3.1 Échantillonnage littoral
Cet EC fait partie de l’UE Échantillonnage en zone littorale
Responsable : D. Fichet
Objectifs pédagogiques
Mettre en œuvre une stratégie d’échantillonnage sur le terrain, en prenant en compte les impératifs liés aux moyens techniques, aux moyens humains et au temps. Estimer l’imprécision liée à l’échantillonnage et faire le compromis entre cette imprécision et les moyens impartis. S’organiser sur le terrain et au laboratoire pour des manipulations impliquant un grand nombre d’échantillons et de données. Traiter les échantillons collectés, rentrer les données dans une base de données informatique et traiter ces données afin d’en extraire l’information en relation avec une problématique scientifique. Interpréter l’information obtenue en relation avec une problématique scientifique, en se basant notamment sur des statistiques simples, et éventuellement sur du traitement via système d’information géographique. Communiquer cette information sous forme écrite (synthèse de rapport) et orale (présentation).
1.3.2 Écologie sous-marine en plongée
Cet EC fait partie de l’UE Échantillonnage en zone littorale
Responsable : C. Dupuy
Objectifs pédagogiques
Réaliser des expertises en zone subtidale dans le domaine benthique rocheux par la plongée sous-marine (échantillonnage, inventaires, etc)
Contenu
Etude écologique des milieux sous-marins littoraux. Priorité sur les zones rocheuses subtidales.
1.3.3 Conduite de projet environnemental
Cet EC fait partie de l’UE Gestion de l’environnement
Responsable : P. Bocher
Objectifs pédagogiques
Proposer une expertise en lien avec la gestion d’un habitat naturel et/ou d’ espèces animales et végétales
Contenu
Pré‐diagnostic écologique, étude d’impact environnementale, notice d’incidence Natura 2000, évaluation environnementale des documents d’urbanisme (PLU – SCOT), relevés de terrain visant à établir une liste des espèces ou habitats présents sur un site (inventaires communaux, Espaces Naturels Sensibles…), plans de gestion (Espaces Naturels Sensibles, Réserves Naturelles…), documents d’objectifs Natura 2000, réhabilitation et aménagement écologique de sites dégradés, études ciblées sur des espèces ou des habitats (espèces introduites envahissantes, espèces à risques)
1.3.4 Gestion de la biodiversité
Cet EC fait partie de l’UE Gestion de l’environnement
Responsable : P. Bocher
Objectifs pédagogiques
Promouvoir la préservation de la biodiversité comme outil de gestion durable des territoires. Décrire les facteurs évolutifs et les menaces agissants sur les population naturelles. Connaitre les outils de gestion de la diversité biologique. Discerner les pressions d’exploitation sur les ressources et leurs conséquences sur la perte de biodiversité.
1.3.5 Socio-économie de l’environnement
Cet EC fait partie de l’UE Gestion de l’environnement
Responsable : G. Blanchard
Objectifs pédagogiques
Appréhender les aspects juridiques, sociaux et économiques liés à l’environnement afin de concilier la préservation des milieux et les contraintes administratives et juridiques inhérentes à l’application des mesures qui peuvent être prises dans cet objectif.
Contenu
Aspects juridiques : cadre administratif et politique de la gestion de l’environnement, la décision, l’expertise, le public ; Aspects sociaux : connaissance et intéractions des acteurs publics et privés de la gestion des territoires, évaluation des conflits d’usage au travers de l’utilisation de grilles de comptabilité, analyse des dispositifs de concertation, processus d’apprentissage et de médiation, rôle des connaissances scientifiques. Aspects économiques : économie des ressources maritimes, gestion de projets
1.3.6 Gestion intégrée de zones humides et de l’eau
Cet EC fait partie de l’UE Gestion intégrée de zones humides et de l’eau
Responsable : C. Dupuy
Objectifs pédagogiques
Conduire et mettre en œuvre des projets de gestion intégrée et de conservation des zones humides. Analyser la dynamique de participation des acteurs. / Apprehend the critical role of wetlands for the earth’s ecological functioning and human health, and factors which threaten this role. Construct and conduct projects of integrated management and conservation of wetlands. Facilitate, analyse and evaluate the participation of stakeholders in these processes.
Évaluer la qualité de l’eau en accord avec les directives cadres. Analyser les risques d’eutrophisation. Maîtriser les principes de la gestion de la ressource en eau.
Contenu
Ecologie comparative et gestion durable des zones humides (marais, mangroves, herbiers, récifs coralliens…)/Comparative ecology, conservation, threats and sustainable management of continental and coastal wetlands (swamps, mangroves, lagoons, seagrass beds, coral reefs, etc.)
Analyse microbiologique de l’eau. Paramètres chimiques. Épuration biologique des eaux. Usages de l’eau continentale. Eutrophisation. Directives cadres, indicateurs et réseaux de surveillance.
1.4 Semestre 4
1.4.1 Stage (26 semaines)
Cet EC fait partie de l’UE Unités transversales
Responsable : D. Kalenitchenko
Objectifs pédagogiques
S’insérer dans une structure, interagir avec l’ensemble des membres de l’équipe et être capable de travailler au sein de cette équipe. Mettre en œuvre ses connaissances pour répondre à la problématique/mission qui lui a été confiée. Produire des données, les traiter et les interpréter de façon adéquate. Rendre compte de son expérience au travers d’un rapport écrit et d’une présentation orale.